Lit Search

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name: lit-search
description: 文献检索与筛选规范。当用户要求围绕某个课题检索学术文献、做系统综述检索、制定纳入/排除标准、或把候选文献筛选成最终清单时使用。按深度分档（快筛/标准/严格检索）执行，检索过程全程留痕可复现。严格检索档不等于完整系统综述。产出 papers/screening.md、papers/included.md、papers/included.json、papers/to-fetch.md、papers/to-fetch.ris、papers/endnote-import.ris。
outputs: [papers/screening.md, papers/included.md, papers/included.json, papers/to-fetch.md, papers/to-fetch.ris, papers/endnote-import.ris]
provides: [lit-search]
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# 文献检索与筛选

本技能规定综述类课题「检索 → 筛选 → 定清单」阶段的操作规范与产出格式。按本规范执行可保证筛选过程可复核、清单可直接交付下一步精读。

## 何时使用

- 用户给出课题主题，要求检索相关文献、做文献调研或系统综述（PRISMA）检索
- 用户要求制定/执行纳入与排除标准
- 综述流水线中「文献检索与筛选」一步（简报会指向本技能）

## 操作规范

### 0. 先定深度档

- 默认**标准档**；用户明说「随便查几篇 / 快速扫一眼」→ **快筛档**（候选上限约 30，一轮筛选，可不做引用扩展）；明说「系统综述 / PRISMA / meta 分析」→ **严格检索档**（强制引用扩展、标题摘要与全文分层筛选、检索披露，见「产出格式」）；严格检索不等于完整系统综述或 meta 分析；
- 选了非默认档，在筛选记录开头写明选了哪档、为什么；
- **主题词剥离**：查询里的「中科院一区 / Q1 / 顶刊 / 近五年」等是过滤条件，进纳入排除标准，**不得当主题词送进检索式**。

### 1. 先定标准，再检索

可先试检评估范围与成本；正式纳排标准由研究问题决定，不因结果方向或凑篇数而改变。记录试检与正式检索的区别、标准版本及人确认依据。

围绕课题主题（用户给出的课题描述；未明确时仅提出候选主题，写入筛选记录并等人确认；可先试检估算范围，不默认确定题目）制定纳入/排除标准，写进 `papers/screening.md`，维度至少包括：

- **年份**（如近五年 / 不限）
- **语言**（如英文 / 中英均可）
- **来源级别**（如期刊与顶会优先、预印本标注）
- **相关性**（与课题问题的关系判定口径）

### 2. 问题概念化与检索词

- 先把课题拆成 2-4 个概念块（医学干预类可用 PICO：人群/干预/对照/结局；质性研究可用 SPIDER；其余按核心概念直拆），每块列 2-5 个同义词/缩写/中英对应；检索式按**块内 OR、块间 AND** 组配；
- 概念块与同义词表写进 `papers/screening.md`，作为检索式的来源依据；
- 语言范围依研究问题与覆盖需要说明；可用中英试检，不把语言限制和期刊声望当作研究质量。改变正式范围须记录原因并经人确认。

### 3. 检索候选文献

- 标准档的发现库是 **OpenAlex 一条主检索式**（概念块 2–4 个，块内 OR、块间 AND；单复数与近义词并进同一条，不另开检索式）。先取命中数，再取回这一条的记录。命中多时收紧这一条式子，不要拆成十几条近义式各抓一页。
- **不做发现的库**：标准档不用 Semantic Scholar、Crossref 标题检索、arXiv 建候选池。429 或请求失败在检索日志记一行并写入覆盖缺口，**不重试**。来源级别允许预印本时才查 arXiv。Crossref 只在已有 DOI 时补字段（见下），不当发现库。PubMed（生物医学）、DBLP（CS）、CNKI（中文，手动导出）按学科需要再加，不加则写入覆盖缺口。
- **Consensus / Undermind MCP（挂了就必须用，2026-09-15 实测被跳过后收紧）**：开工第一件事盘点本会话可用工具——只要存在 mcp__undermind / mcp__consensus 类工具就各跑**一轮**（Undermind = 语义深搜补漏；Consensus = 按研究问题搜同行评议论文，免费档有多少收多少）。命中并进候选池，检索日志「库」写 Consensus / Undermind，去重与纳排与其他库同一套；**不替代** OpenAlex，也不另写一份清单。**工具在而没检索 = 违规**，必须在覆盖缺口里写明原因；工具不存在、未登录或调用失败则记缺口后继续，不反复授权、不中断检索；
- 检索日志用固定六字段表头，逐库一行记入 `papers/screening.md`：**日期 / 库 / 完整检索式 / 命中数 / 去重后数 / 筛后保留数**，保证检索过程可复现；
- 各库结果合并去重后，同一篇（DOI 或标题归一判定）被 ≥2 个库命中的，在记录上标「**多源命中**」——这是优先阅读的提示，不是纳入标准；
- 每篇记录：标题、作者（全名，一位一行）、年份、期刊全称、卷、期、页码、出版日期、文章类型、ISSN、DOI、链接。有摘要、关键词、期刊缩写一并记下。字段未知一律标「待补」，不得留空或猜测。
- **有 DOI 就用 Crossref 把上面这些字段补全再写入筛选记录和 RIS**（`https://api.crossref.org/works/<DOI>`，礼貌 User-Agent）。标题用 Crossref 的 `title`，不要改用 OpenAlex 的 `display_name`。`title` 里的 `<sub>` `<sup>` 先收成 Unicode 下标和上标再写入 `included.json` 与两份 RIS；OpenAlex 的空格标题会把 `Mo<sub>2</sub>` 收成 `Mo 2`。Crossref 纯文本把 `Zr1-xTMxB2` 收成 `Zr1-TMB2` 时，按出版商这种残缺形状写回 `Zr₁₋ₓTMₓB₂`，不要再删字母。Crossref 没有摘要时再用 OpenAlex。期刊缩写用 **ISO 4，每个缩写词后面加句点**（`Adv. Mater.`，不是 `Adv Mater`）。按期刊全称查 JabRef 的 ACS / mechanical / geology_physics / general / lifescience 表（`https://abbrv.jabref.org/journals/`），或期刊官网、CASSI。不要用 NLM Catalog 的 ISSN 结果：它不带句点，还会把 *Advanced Materials* 对成 `Adv Eng Mater`。Crossref 的 short-container-title 经常就是全称，不能当缩写。表里没有、现有值等于全称、缺句点、或对不上这本期刊全称的，先写「待补」，再按官网或 ISO 4 补上。一词刊名（*Nature*、*Science*、*Small*）不缩，写全称。不要自己编。没有期、没有独立网络出版日也标「待补」，不把卷、页或创建日期挪去填。作者以 Crossref 的 `family`/`given` 为准，写成 `姓, 名`，一人一行；来源名单被截成「前三人, et al.」或同一人重复出现时，用 Crossref 的完整名单替换，不沿用截断名单。

- **用户积累进料（双台账口径，2026-10-13）**：工作区 `.ccode/handoff-lit-intake.md`（开工冻结的进料快照）或项目根 `papers/reading-list.md`（积累清单）是用户平时攒下的文献候选，与 `papers/included.md` 存量、`papers/imports/` 导入、本轮检索候选统一去重后并入候选池一起走纳排；这两份积累文件只读——不回写、不删改，产出契约不变。

#### 外部 AI 检索站导出导入（人肉中转）

Elicit / Undermind / X-MOL / Google Scholar 等闭源站点无法程序化检索时，由用户在网页端检索并导出 RIS / BibTeX / CSV：

1. 导出文件放入**项目根** `papers/imports/`（见 TASK.md「项目根」），命名「来源-日期」，如 `elicit-20260812.ris`；
2. Agent 负责解析题录、去重、合并进 `papers/screening.md` 候选池与 `references.bib`；**导出文件有三处都要看**：项目根 `papers/imports/`、工作区内的 `papers/imports/`，以及 TASK.md「项目资源」段里类型为「引文」的条目、「上一步产物（提货单）」段里来自「人工交付」的条目——后两类给的是绝对路径，按路径直读、不要复制进工作区；
3. 去重口径：DOI 精确匹配优先，标题模糊匹配（忽略大小写与标点）兜底；
4. 每条记录保留来源标注（如「来源：Elicit 导出」），便于回溯检索渠道。

#### 带 key 的 API 检索

需要订阅密钥的库，key 一律走环境变量引用（`$VAR`），**禁止写进任何文件**（skills 文档、配置、脚本都不行）：

- **Web of Science**：Clarivate 官方 REST API（需机构订阅 key），用 `$WOS_API_KEY` 引用，如
  `curl -H "X-ApiKey: $WOS_API_KEY" "https://api.clarivate.com/apis/wos-starter/v1/documents?q=TS=(topic)"`；
- **Consensus**：官方 API / hosted MCP（端点 `https://mcp.consensus.app/mcp`，HTTP 传输，401 需鉴权；以官方文档为准），key 用 `$CONSENSUS_API_KEY` 引用；
- **Google Scholar 无官方 API**：标准档用 OpenAlex。确需 Scholar 走 SerpAPI（`$SERPAPI_KEY` 引用），如
  `curl "https://serpapi.com/search.json?engine=google_scholar&q=<检索词>&api_key=$SERPAPI_KEY"`。

#### 推荐 MCP（可选，去 MCP 页粘贴导入）

以下 MCP server 与文献工作流相关；配置片段为标准 `mcpServers` 条目，到 Mesa 的 MCP 页用「粘贴导入」添加（粘贴导入会列出完整命令清单，确认来源可信再导入）：

- **Consensus**（官方 hosted MCP；key 用 `$CONSENSUS_API_KEY` 环境变量引用，不落明文）：

```json
"consensus": { "type": "http", "url": "https://mcp.consensus.app/mcp", "headers": { "Authorization": "Bearer $CONSENSUS_API_KEY" } }
```

- **Playwright**（stdio；浏览器操作重型备胎——检索站反爬/需登录导出时兜底，平时不必挂载）：

```json
"playwright": { "command": "npx", "args": ["@playwright/mcp@latest"] }
```

- Semantic Scholar 无权威社区 MCP。标准档不把它当发现库；人明确要求引文扩展时再用其被引/参考文献接口，429 记缺口后停止，不重试。

### 4. 逐条筛选

- 系统综述按方案分别记录标题摘要和全文判定，不因候选少跳过全文；普通调研可按规模合并操作，但保留逐条证据和判定；
- 每篇给出纳入/排除及理由；排除理由从固定枚举里选：**年份不符 / 语言不符 / 来源级别不符 / 主题无关 / 重复 / 非实证研究**，都不沾边才写自由理由；
- **拿不准相关性的一律保留候选，并标注「待确认」**——不允许自行裁掉，也不能冒充最终纳入；「多源命中」不等于证据更强。全文未得的判定及其对覆盖的影响单列。
- **开头那句篇数从 included.json 现数来。** 「终判纳入 N 篇」「另有待确认 M 篇」必须等于 json 里 `decision=included` / `pending` 的条数。后来改了判定，先改这句再交。不要留检索当时的旧数字。
- **「待确认」不是题录没查全。** `decision=pending` 只表示相关性等人拍板。期刊全称、ISSN、`doi`、`url` 与已纳入同一套：有 DOI 就必须先向 Crossref 取 `container-title` 写入 `venue`，没有再问 OpenAlex。书章没有期刊才把 `venue` 写成「待补」。禁止因为这篇还没拍板，就把 `venue`/`doi`/`url` 整列写成「待补」或留空。
- **先拍 pending，再下载全文**：`to-fetch.md` 与开放获取下载都只针对 `decision=included`。禁止把 pending 写入待获取或先下其全文。有 pending 时写入 `.ccode/help-wanted.md` 请人逐篇纳入或排除（未回复则不把 pending 当已纳入）；人改成 included 后才允许补进 to-fetch。
- **开放获取失败就停**：只下载接口已经给出的 PDF 直链。连续 3 次 HTTP 403 即停止其余下载，未下到的写入 `to-fetch.md`，不要换链重试。
- **排除的不补字段**：期刊全称、卷期页、ISSN、摘要、ISO 4 缩写和两套 RIS 只对最终纳入与待确认各做一次。排除篇留在筛选记录里即可，不向 Crossref 补全。

### 5. 引用扩展与停止

- **标准档不做引文扩展。** 只有人明确要求，或深度档为严格检索档，才从已纳入清单选择能覆盖不同概念与相反结论的种子文献（数量依问题，不固定为 3-5 篇），查其参考文献（向后）与被引（向前，优先 OpenAlex），新增候选并入筛选；
- **显式停止**：普通检索可把新增很少作为预算提示，但停止依据须对应范围和覆盖缺口；系统综述按已批准方案和来源覆盖停止，不用固定两轮或少于三篇冒充穷尽。预算不足时报告未完成范围，供人缩题或补检。用户喊停立即停，保留已有清单；
- 每轮扩展的来源种子与新增数记进 `papers/screening.md`。

### 6. 定稿纳入清单

纳入的文献写入 `papers/included.md`，一行一篇，格式：

```
标题 — 作者, 年份 — 来源 — 链接/DOI
```

### 7. 综述类型与证据集合

- 开始即区分叙述性/范围/系统综述；期刊独立、学位章只是呈现形态，不代替方法类型。叙述性综述不强制套完整系统综述。
- 系统综述先确认方案、问题与纳排、数据库/灰色文献覆盖、全文筛选、提取表、研究级去重、适用偏倚风险工具、综合方法及证据确定性评价；不能只升级检索日志。不会选择方法时寻求方法专家。
- 同一研究多个报告、预印本与正式版关联 studyId/reportId，不能计成多个独立样本或独立证据；核对核心研究更正/撤稿及版本状态，保留依据。
- 关键/主观提取和筛选分歧按所选规范安排独立复核与人工裁决；明确单人、第二人、Agent 各做了什么。两个 Agent 不等价于双人系统综述。
- 每次追加/复用检索检查日期、问题/范围/标准变化；更新纳入清单并标出受影响笔记与论断，不能因有旧 notes 就跳过。新增关键参考文献按同样纳排流程加入，不封死引文库。

## 产出格式

- `papers/screening.md`：固定结构——深度档与假设 → 纳入/排除标准 → 概念块与检索词 → 检索日志表（六字段）→ 逐条判定（含「待确认」「多源命中」标注）→ 引用扩展轮次记录 → **覆盖缺口声明**（哪些库没检、意味着什么缺失，如「未检 CNKI，中文核心期刊覆盖缺失」「WoS 无订阅未检」）
- `papers/included.md`：纳入清单（一行一篇，固定行格式；尚待确认单列，不冒充已决）
- `papers/included.json`：与 included.md 一一对应的记录数组。每条有稳定非空字符串 `id`、`title`、`decision`、`reason`。decision 为 included / pending。**pending 与 included 同一套题录，检索时一次查全**，不要等纳入后再查。pending 只是相关性未拍板，不是期刊未知。有 DOI 时 `venue` 必须是期刊全称（书章除外），`doi` 与 `url` 不得留空：`authors`（数组，`姓, 名`）、`year`、`venue`、`volume`、`issue`、`pages`、`date`、`epubDate`、`articleType`、`issn`、`journalAbbreviation`、`abstract`、`keywords`、`language`、`doi`、`url`。查不到的写「待补」。人点纳入时 Mesa 把这条原样追加进 `endnote-import.ris` 和 `to-fetch.ris`，不再另查。空清单用 `[]`。不用修改 id 隐藏旧记录。
- `papers/to-fetch.md`：仅 **已纳入（decision=included）** 且未获得全文的付费墙清单，**不得列入 pending**（2026-09-15 收紧格式——裸「标题 — DOI」堆叠没编号，用户无法对照追踪进度）：**编号列表，每行 `N. 标题 — DOI`，N 从 1 连续**，顺序与 to-fetch.ris 条目一致；补齐全文的行在编号后加 `✓`（如 `3. ✓ 标题 — DOI`），编号不重排；无待获取则注明为空
- 两份 RIS 同一批篇目、标签分开。pending 的完整题录写在 included.json。人把 pending 改成纳入后，Mesa 按各自标签追加（同一 DOI 或标题已在则不重复）。排除的不写。不在纳入这一下重新检索。
- `papers/to-fetch.ris` 给 Zotero。RIS 2004、CRLF，顺序与 to-fetch.md 一致。一位作者一条 `AU`（`姓, 名`）。期刊全称只写 `T2`，缩写与全称不同才写 `J2`。再写 `PY`、`VL`、`IS`、`SP`、`EP`、`SN`、`DO`、`KW`（一词一条）、`AB`、`UR`。不要写 `JO`/`JF`/`JA`/`N1`/`N2`/`M1`：Zotero 把 `JO` 放进期刊缩写，把 `N1` 放进笔记。
- `papers/endnote-import.ris` 给 EndNote 2025 的 RefMan RIS。期刊全称只写 `T2`，缩写写 `J2`。页写 `SP`，起始页码另写 `M2`（与 `SP` 同值），结束页写 `EP`，文章类型写 `M3`（没有就写 `Journal Article`）。再写 `PY`、`DA`、`ET`、`VL`、`IS`、`SN`、`DO`、`KW`、`AB`、`LA`、`UR`。不要写 `JO`/`JF`/`JA`/`M1`/`N1`。`M1` 不进任何格子，文章类型必须是 `M3`。
- 两份都不写筛选日期、候选来源、出版商。没有的标签不写，不编造。只给 `TI`/`DO`/`UR` 时，两边的作者、期刊、卷期页、摘要都是空的。
- **严格档追加 PRISMA-S 最小披露段**（screening.md 末尾）：各库完整检索式、检索日期、命中→去重→纳入计数、去重方法——这是最低留痕，不是完整 PRISMA-S 符合声明；系统综述逐项对照官方完整规范并记录适用性。

## 验收入口

有 TASK.md 时沿用其中的验收摘要/质量状态合同，不重复建表；独立使用时，在本报告开头写：回答、关键证据入口、未验证、影响结论的问题、待人决定。状态为待审/有条件接受/证据通过（限定范围）/阻塞；推荐不等于人工批准。

## 完成标准

文件均存在，每条记录无空缺字段（未知则标「待补」）。筛选记录必须能让第三人按标准复现每条判定。深度档已声明；检索日志六字段无缺；覆盖缺口声明已写；严格档最小披露四项齐全。`papers/imports/` 里的导出文件处理后保留原档备查，不删除。

## 人工补投的命名整理

开放获取全文下载到 **TASK.md 写明的项目根 `papers/`**，不要写当前工作区（PDF 不进 git，写在工作区会在合并后丢失）。文件名「作者年份-短标题.pdf」。**人工补投的文件名随意，不改名压力不交给用户**——下一步精读（lit-notes）开工时由 agent 对照 included.md/to-fetch.md 判定归属后统一重命名，并在 to-fetch.md 勾掉已补行；拿不准归属的不改名、标注「待确认」。