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Claude Skills by artubss
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- AnndataEsta habilidade deve ser usada ao trabalhar com matrizes de dados anotados em Python, particularmente para análise de genômica de célula única, gerenciamento de medições experimentais com metadados ou manipulação de datasets biológicos em larga escala. Use quando as tarefas envolvam objetos AnnData, arquivos h5ad, dados de RNA-seq de célula única ou integração com ferramentas scanpy/scverse.Votes: 0GitHub stars: 11
- ArboretoInferir redes regulatórias de genes (GRNs) a partir de dados de expressão gênica usando algoritmos escaláveis (GRNBoost2, GENIE3). Use ao analisar dados de transcriptômica (RNA-seq em bulk, RNA-seq de célula única) para identificar relações fator de transcrição-gene alvo e interações regulatórias. Suporta computação distribuída para conjuntos de dados em larga escala.Votes: 0GitHub stars: 11
- AstropyBiblioteca Python abrangente para astronomia e astrofísica. Esta skill deve ser usada ao trabalhar com dados astronômicos, incluindo coordenadas celestes, unidades físicas, arquivos FITS, cálculos cosmológicos, sistemas de tempo, tabelas, sistemas de coordenadas mundiais (WCS) e análise de dados astronômicos. Use quando as tarefas envolvem transformações de coordenadas, conversões de unidades, manipulação de arquivos FITS, cálculos de distâncias cosmológicas, conversões de escalas de tempo ou...Votes: 0GitHub stars: 11
- Benchling IntegrationIntegração da plataforma Benchling R&D. Acesso ao registry (DNA, proteínas), inventário, entradas ELN, workflows via API, construção de Benchling Apps, consulta Data Warehouse, para automação de gerenciamento de dados de laboratório.Votes: 0GitHub stars: 11
- BiomniFramework autônomo de agente de IA biomédica para executar tarefas de pesquisa complexas em genômica, descoberta de fármacos, biologia molecular e análise clínica. Use esta skill ao conduzir pesquisa biomédica em múltiplas etapas, incluindo design de triagem CRISPR, análise de RNA-seq de células únicas, previsão ADMET, interpretação GWAS, diagnóstico de doenças raras ou otimização de protocolos de laboratório. Aproveita o raciocínio de LLM com execução de código e bancos de dados biomédicos i...Votes: 0GitHub stars: 11
- BiopythonKit de ferramentas Python principal para biologia molecular. Preferido para consultas Python-based no PubMed/NCBI (Bio.Entrez), manipulação de sequências, análise de arquivos (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), workflows avançados de BLAST, estruturas, filogenética. Para BLAST rápido, use gget. Para REST API direto, use pubmed-database.Votes: 0GitHub stars: 11
- Biorxiv DatabaseFerramenta eficiente de busca em banco de dados para o servidor de pré-prints bioRxiv. Use essa competência ao pesquisar pré-prints de ciências da vida por palavras-chave, autores, intervalos de datas ou categorias, recuperando metadados de artigos, baixando PDFs ou conduzindo revisões de literatura.Votes: 0GitHub stars: 11
- BioservicesFerramenta Python primária para 40+ serviços de bioinformática. Preferida para workflows multi-banco de dados: UniProt, KEGG, ChEMBL, PubChem, Reactome, QuickGO. API unificada para queries, mapeamento de IDs, análise de pathways. Para controle REST direto, use skills individuais de banco de dados (uniprot-database, kegg-database).Votes: 0GitHub stars: 11
- Brenda DatabaseAcesse o banco de dados de enzimas BRENDA via API SOAP. Recupere parâmetros cinéticos (Km, kcat), equações de reação, dados de organismos e informações de enzimas específicas de substrato para pesquisa bioquímica e análise de vias metabólicas.Votes: 0GitHub stars: 11
- Cellxgene CensusConsulte o CZ CELLxGENE Census (61M+ células). Filtre por tipo de célula/tecido/doença, recupere dados de expressão, integre com scanpy/PyTorch, para análise de célula única em escala populacional.Votes: 0GitHub stars: 11
- Chembl DatabaseConsulte moléculas bioativas e dados de descoberta de fármacos do ChEMBL. Busque compostos por estrutura/propriedades, recupere dados de bioatividade (IC50, Ki), encontre inibidores, realize estudos de SAR, para química medicinal.Votes: 0GitHub stars: 11
- CirqFramework de computação quântica para construir, simular, otimizar e executar circuitos quânticos. Use esta skill ao trabalhar com algoritmos quânticos, design de circuitos quânticos, simulação quântica (com ou sem ruído), execução em hardware quântico (Google, IonQ, AQT, Pasqal), otimização e compilação de circuitos, modelagem e caracterização de ruído, ou experimentos e benchmarking quântico (VQE, QAOA, QPE, randomized benchmarking).Votes: 0GitHub stars: 11
- Citation ManagementGestão abrangente de citações para pesquisa acadêmica. Pesquise Google Scholar e PubMed por artigos, extraia metadados precisos, valide citações e gere entradas BibTeX corretamente formatadas. Esta habilidade deve ser usada quando você precisar encontrar artigos, verificar informações de citação, converter DOIs para BibTeX ou garantir a precisão de referências em redação científica.Votes: 0GitHub stars: 11
- Clinical Decision SupportGere documentos profissionais de suporte à decisão clínica (CDS) para ambientes de pesquisa farmacêutica e clínica, incluindo análises de coortes de pacientes (estratificadas por biomarcadores com desfechos) e relatórios de recomendações de tratamento (diretrizes baseadas em evidências com algoritmos de decisão). Oferece suporte a classificação de evidências GRADE, análise estatística (hazard ratios, curvas de sobrevida, gráficos em cascata), integração de biomarcadores e conformidade regulat...Votes: 0GitHub stars: 11
- Clinical ReportsEscreva relatórios clínicos abrangentes incluindo relatos de casos (diretrizes CARE), relatórios diagnósticos (radiologia/patologia/laboratório), relatórios de ensaios clínicos (ICH-E3, SAE, CSR) e documentação de pacientes (SOAP, H&P, resumos de alta). Suporte completo com modelos, conformidade regulatória (HIPAA, FDA, ICH-GCP) e ferramentas de validação.Votes: 0GitHub stars: 11
- Clinicaltrials DatabaseConsulte ClinicalTrials.gov via API v2. Pesquise ensaios por condição, fármaco, localização, status ou fase. Recupere detalhes de ensaios por NCT ID, exporte dados, para pesquisa clínica e compatibilidade de pacientes.Votes: 0GitHub stars: 11
- Clinpgx DatabaseAcesse dados de farmacogenômica do ClinPGx (sucessor do PharmGKB). Consulte interações gene-medicamento, diretrizes CPIC, funções de alelos, para medicina de precisão e decisões de dosagem guiada por genótipo.Votes: 0GitHub stars: 11
- Clinvar DatabaseConsultar NCBI ClinVar para significância clínica de variantes. Pesquisar por gene/posição, interpretar classificações de patogenicidade, acessar via API E-utilities ou FTP, anotar VCFs, para medicina genômica.Votes: 0GitHub stars: 11
- CobrapyModelagem metabólica baseada em restrições (COBRA). FBA, FVA, knockouts de genes, amostragem de fluxo, modelos SBML, para análise de biologia de sistemas e engenharia metabólica.Votes: 0GitHub stars: 11
- Cosmic DatabaseAcesse o banco de dados de mutações de câncer COSMIC. Consulte mutações somáticas, Cancer Gene Census, assinaturas mutacionais, fusões gênicas para pesquisa de câncer e oncologia de precisão. Requer autenticação.Votes: 0GitHub stars: 11
- DaskComputação paralela/distribuída. Escale pandas/NumPy além da memória disponível, DataFrames/Arrays paralelos, processamento multi-arquivo, grafos de tarefas, para datasets maiores que RAM e workflows paralelos.Votes: 0GitHub stars: 11
- Datacommons ClientTrabalhe com Data Commons, uma plataforma que fornece acesso programático a dados estatísticos públicos de fontes globais. Use essa skill ao trabalhar com dados demográficos, indicadores econômicos, estatísticas de saúde, dados ambientais ou qualquer conjunto de dados público disponível através de Data Commons. Aplicável para consultar estatísticas populacionais, números de PIB, taxas de desemprego, prevalência de doenças, resolução de entidades geográficas e explorar relacionamentos entre en...Votes: 0GitHub stars: 11
- DatamolWrapper Pythônico ao redor do RDKit com interface simplificada e padrões sensatos. Preferido para descoberta de fármacos padrão: análise de SMILES, padronização, descritores, fingerprints, clustering, conformadores 3D, processamento paralelo. Retorna objetos nativos rdkit.Chem.Mol. Para controle avançado ou parâmetros customizados, use rdkit diretamente.Votes: 0GitHub stars: 11
- DeeptoolsKit de ferramentas para análise NGS. Conversão de BAM para bigWig, QC (correlação, PCA, fingerprints), heatmaps/profiles (TSS, peaks), para visualização de ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq.Votes: 0GitHub stars: 11
- DenarioSistema multiagente de IA para assistência em pesquisa científica que automatiza fluxos de trabalho de pesquisa desde análise de dados até publicação. Esta skill deve ser usada ao gerar ideias de pesquisa a partir de conjuntos de dados, desenvolver metodologias de pesquisa, executar experimentos computacionais, realizar buscas de literatura ou gerar papers prontos para publicação em formato LaTeX. Suporta pipelines de pesquisa end-to-end com orquestração de agentes personalizável.Votes: 0GitHub stars: 11
- DiffdockAncoragem molecular baseada em difusão. Prever poses de ligação proteína-ligando a partir de PDB/SMILES, scores de confiança, triagem virtual, para design de fármacos baseado em estrutura. Não para predição de afinidade.Votes: 0GitHub stars: 11
- Dnanexus IntegrationPlataforma de genômica em nuvem DNAnexus. Crie apps/applets, gerencie dados (upload/download), Python SDK dxpy, execute workflows, FASTQ/BAM/VCF, para desenvolvimento e execução de pipelines genômicos.Votes: 0GitHub stars: 11
- DocxKit de ferramentas de documentos (.docx). Criar/editar documentos, alterações rastreadas, comentários, preservação de formatação, extração de texto, para processamento profissional de documentos.Votes: 0GitHub stars: 11
- PdfKit de ferramentas para manipulação de PDF. Extrair texto/tabelas, criar PDFs, mesclar/dividir, preencher formulários, para processamento e análise de documentos programática.Votes: 0GitHub stars: 11
- PptxKit de ferramentas de apresentação (.pptx). Criar/editar slides, layouts, conteúdo, anotações do apresentador, comentários para criação e modificação programática de apresentações.Votes: 0GitHub stars: 11
- XlsxKit de ferramentas para planilhas (.xlsx/.csv). Criar/editar com fórmulas/formatação, analisar dados, visualização, recalcular fórmulas, para processamento e análise de planilhas.Votes: 0GitHub stars: 11
- Drugbank DatabaseAcesse e analise informações abrangentes sobre medicamentos do banco de dados DrugBank, incluindo propriedades de fármacos, interações, alvo molecular, vias biológicas, estruturas químicas e dados de farmacologia. Esta habilidade deve ser usada ao trabalhar com dados farmacêuticos, pesquisa de descoberta de fármacos, estudos de farmacologia, análise de interações medicamentosas, identificação de alvo molecular, buscas de similaridade química, previsões ADMET ou qualquer tarefa que exija infor...Votes: 0GitHub stars: 11
- Ena DatabaseAcesse o European Nucleotide Archive via API/FTP. Recupere sequências de DNA/RNA, leituras brutas (FASTQ), montagens de genoma por acesso, para pipelines de genômica e bioinformática. Suporta múltiplos formatos.Votes: 0GitHub stars: 11
- Ensembl DatabaseConsulte a API REST do banco de dados de genoma Ensembl para 250+ espécies. Buscas de genes, recuperação de sequências, análise de variantes, genômica comparativa, ortólogos, previsões VEP, para pesquisa genômica.Votes: 0GitHub stars: 11
- EtetoolkitToolkit de árvore filogenética (ETE). Manipulação de árvore (Newick/NHX), detecção de eventos evolutivos, ortologia/paralogia, taxonomia NCBI, visualização (PDF/SVG), para filognoômica.Votes: 0GitHub stars: 11
- Exploratory Data AnalysisRealize análise exploratória abrangente em arquivos de dados científicos em mais de 200 formatos de arquivo. Esta habilidade deve ser usada ao analisar qualquer arquivo de dados científico para compreender sua estrutura, conteúdo, qualidade e características. Detecta automaticamente o tipo de arquivo e gera relatórios detalhados em markdown com análise específica do formato, métricas de qualidade e recomendações de análise posterior. Cobre química, bioinformática, microscopia, espectroscopia,...Votes: 0GitHub stars: 11
- Fda DatabaseConsultar API openFDA para medicamentos, dispositivos, eventos adversos, recalls, submissões regulatórias (510k, PMA), identificação de substâncias (UNII), para análise de dados regulatórios da FDA e pesquisa de segurança.Votes: 0GitHub stars: 11
- FlowioAnalise arquivos FCS (Flow Cytometry Standard) v2.0-3.1. Extraia eventos como arrays NumPy, leia metadados/canais, converta para CSV/DataFrame, para pré-processamento de dados de citometria de fluxo.Votes: 0GitHub stars: 11
- FluidsimFramework para simulações de dinâmica de fluidos computacional usando Python. Use ao executar simulações de dinâmica de fluidos, incluindo equações de Navier-Stokes (2D/3D), equações de águas rasas, escoamentos estratificados, ou ao analisar turbulência, dinâmica de vórtices ou escoamentos geofísicos. Fornece métodos pseudoespectrais com FFT, suporte HPC e análise abrangente de saída.Votes: 0GitHub stars: 11
- Gene DatabaseConsulte NCBI Gene via E-utilities/Datasets API. Pesquise por símbolo/ID, recupere informações de gene (RefSeqs, GO, localizações, fenótipos), lookups em lote, para anotação de genes e análise funcional.Votes: 0GitHub stars: 11
- Generate ImageGere ou edite imagens usando modelos de IA (FLUX, Gemini). Use para geração de imagens de propósito geral, incluindo fotos, ilustrações, arte, recursos visuais, arte conceitual e qualquer imagem que não seja um diagrama técnico ou esquema. Para fluxogramas, circuitos, caminhos e diagramas técnicos, use a skill scientific-schematics.Votes: 0GitHub stars: 11
- Geo DatabaseAcesse NCBI GEO para dados de expressão gênica e genômica. Pesquise/baixe datasets de microarray e RNA-seq (GSE, GSM, GPL), recupere arquivos SOFT/Matrix, para análise de transcriptômica e expressão.Votes: 0GitHub stars: 11
- GeopandasBiblioteca Python para trabalhar com dados vetoriais geoespaciais, incluindo shapefiles, GeoJSON e arquivos GeoPackage. Use ao trabalhar com dados geográficos para análise espacial, operações geométricas, transformações de coordenadas, spatial joins, operações de overlay, mapeamento coroplético ou qualquer tarefa envolvendo leitura/escrita/análise de dados vetoriais geográficos. Suporta bancos de dados PostGIS, mapas interativos e integração com matplotlib/folium/cartopy. Use para tarefas com...Votes: 0GitHub stars: 11
- Get Available ResourcesEsta skill deve ser usada no início de qualquer tarefa científica computacionalmente intensiva para detectar e relatar recursos disponíveis do sistema (núcleos de CPU, GPUs, memória, espaço em disco). Ela cria um arquivo JSON com informações de recursos e recomendações estratégicas que orientam decisões sobre abordagem computacional, como usar processamento paralelo (joblib, multiprocessing), computação fora da memória (Dask, Zarr), aceleração GPU (PyTorch, JAX) ou estratégias eficientes em m...Votes: 0GitHub stars: 11
- Gwas DatabaseConsulte o Catálogo GWAS NHGRI-EBI para associações SNP-traço. Pesquise variantes por ID rs, doença/traço, gene, recupere valores de p e estatísticas resumidas, para epidemiologia genética e escores de risco poligênico.Votes: 0GitHub stars: 11
- HistolabKit de ferramentas de processamento de imagens de patologia digital para imagens de lâminas inteiras (WSI). Use essa skill ao trabalhar com lâminas de histopatologia, processar imagens de tecido corado com H&E ou IHC, extrair tiles de imagens de patologia gigapixel, detectar regiões de tecido, segmentar máscaras de tecido ou preparar datasets para pipelines de deep learning de patologia computacional. Aplica-se a formatos WSI (SVS, TIFF, NDPI), análise baseada em tiles e fluxos de trabalho de...Votes: 0GitHub stars: 11
- Hmdb DatabaseAcesse o Banco de Dados do Metaboloma Humano (220K+ metabólitos). Pesquise por nome/ID/estrutura, recupere propriedades químicas, dados de biomarcadores, espectros de RMN/MS, vias metabólicas, para metabolômica e identificação.Votes: 0GitHub stars: 11
- HypogenicGeração automatizada de hipóteses e testes usando modelos de linguagem grandes. Use esta habilidade ao gerar hipóteses científicas a partir de conjuntos de dados, combinando insights de literatura com dados empíricos, testando hipóteses contra dados observacionais, ou conduzindo exploração sistemática de hipóteses para descoberta científica em domínios como detecção de engano, detecção de conteúdo IA, análise de saúde mental ou outras tarefas de pesquisa empírica.Votes: 0GitHub stars: 11
- Hypothesis GenerationGere hipóteses testáveis. Formule a partir de observações, projete experimentos, explore explicações concorrentes, desenvolva previsões, proponha mecanismos para investigação científica em diversos domínios.Votes: 0GitHub stars: 11
- Kegg DatabaseAcesso direto REST API ao KEGG (apenas uso acadêmico). Análise de vias metabólicas, mapeamento gene-vias, vias metabólicas, interações de drogas, conversão de IDs. Para workflows Python com múltiplos bancos de dados, prefira bioservices. Use isto para trabalho HTTP/REST direto ou controle específico de KEGG.Votes: 0GitHub stars: 11